С III квартала в книге продаж, книге покупок и журнале учета счетов-фактур надо ставить новые коды операций (приложение к приказу ФНС России от 14 марта 2016 г. № ММВ-7-3/136).
Убедитесь, что ваша учетная программа уже с 1 июля станет ставить новые коды. Если они останутся прежними, попросите, чтобы вам обновили программу.